2018.11.14

by 林溪|D-Horse

工作了一个多月了,更新点儿跟工作相关的内容。

研究所准备建立一个独立的测序中心,从nanopore购置了几台机器(MinION和PromethION),我目前的主要工作就是为这几台机器写测序的Pipeline程序。毕竟已经远离生信领域好久,很多东西都是重新捡起或从头学习。不过同事们也一样,nanopore对于他们来说也是新鲜玩意儿。

这一个月先是和M教授了解和测试网上现成的一些测序分析工具,通过电邮和网络社区和nanopore的技术支持保持交流。有一定积累后就开始学习并动手通过Nextflow框架写Pipeline, 今天算是完成了第一版。

这一个月着实是学到不少东西,在写程序方面感觉比较有成就感的主要是两件事:

  1.  改写和优化Porechop. Porechop是目前唯一一个发布的可以用来剪切nanopore测序后序列adapter的工具。但是开发者在不到一个月前弃坑并转投进了新的项目,同时提出了对该工具改进的方案。我根据开发者的思路进行了优化并加入了新的人工筛选Barcode adapter的功能。
  2.  完成了第一版的Pipeline. 算是我第一次完整地写出一个基于Bash的脚本工具。

现在白天认真工作,同时也还是想着赶紧下班回家刷大菠萝啊。。